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自闭症的病因目前还不是很清楚，就我们现有的已知的资料，一个是与遗传有关，一个是与脑损伤有关。
至于遗传的方式，方法，怎么遗传也不是很清楚，并不是说某个家族里面有过自闭的孩子，就会再有另外一个，这个不一定，并不是说如果一个家族从来没有过自闭的孩子，就不会有自闭的孩子，这也不好说，它的遗传方式很复杂，应该是一个多基因的遗传。
另外一个可能性是与脑损伤有关，比如说脑的缺血缺氧，新生儿期的这种窒息，或者是因为肺炎或者是癫痫，或者是脑内的重要物质的代谢异常，也会导致我们的脑损害，脑损害也可能会导致自闭症的出现。
以上两个原因都有可能，有些孩子是两者兼有吗，有些孩子只有其一，也许还有其他的一些方式，目前尚不是很清楚，但是并不是与字面意思有关，并不是这个孩子的教养中，说话少，陪伴少，或者是他喜欢自己玩，跟这些字面的理解。并没有什么关系。
天津圣安医院医师提示：自闭症确切病因尚未明确，已知资料显示其与遗传、脑损伤有关，具体如下：
1、遗传：其遗传方式较为复杂，应该属于多基因遗传;
2、脑损伤：如脑缺血缺氧、新生儿期窒息、肺炎、癫痫、脑内重要物质代谢异常，均可导致脑损害，继而可能导致自闭症出现。
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